Чемпионат Литвы по футболу 1998/1999

А Лига 1998/1999 (лит. A Lyga 1998/1999) — 10-й сезон чемпионата Литвы по футболу со времени восстановления независимости Литвы в 1990 году. Он начался 10 июля 1998 года и закончился 13 июня 1999 года. Это был последний чемпионат, который проводился по системе «осень-весна». По итогам прошлого сезона из I лиги в А Лигу вышли «Дайнава» и «». «», «», «Таурас» и «» покинули элитный дивизион. Вместо «» в А Лиге вновь выступал «Жальгирис-2». В итоге стартовали 14 команд. После 6-го тура с турнира снялся «Панерис» (результаты матчей с его участием были аннулированы), а после 13-го тура снялся «» (результаты матчей с его участием учтены). Чемпион получил право стартовать в первом квалификационном раунде Лиги чемпионов, а клубы, занявшие второе и третье места, — в первом отборочном раунде Кубка УЕФА. Команда, занявшая четвёртое место, участвовала в Кубке Интертото с первого раунда.