Copa del Emperador 1999

La 79.ª Copa del Emperador (第79回天皇杯全日本サッカー選手権大会 Dai 79-kai Tennōhai Zennihon Sakkā Senshuken Taikai?) fue la edición 1999 de dicha competición de fútbol, la más antigua de Japón. El torneo comenzó el 28 de noviembre de 1999 y terminó el 1 de enero de 2000. El campeón fue Nagoya Grampus Eight, tras vencer en la final a Sanfrecce Hiroshima. De esta manera, el conjunto de la capital de la prefectura de Aichi volvió a dar la vuelta olímpica luego de cuatro años. Por lo mismo, disputó la Supercopa de Japón 2000 ante Júbilo Iwata, ganador de la J. League Division 1 1999, y clasificó a la Recopa de la AFC 2000-01.​