BED

Le format BED (ou format Browser Extensible Data) est un format de fichier texte utilisé pour stocker des régions génomiques sous forme de coordonnées ainsi que les annotations associées. Les données se présentent sous forme de colonnes séparées par des espaces ou bien des tabulations. Ce format fut développé au cours du Projet Génome Humain puis adopté par d'autres projets de séquençage. De par cette utilisation de plus en plus large, ce format est devenu un standard de facto en bioinformatique sans pour autant recevoir de spécifications officielles. L'un des avantages de ce format réside dans la manipulation de coordonnées en lieu et place de séquences nucléotidiques permettant une optimisation de la puissance et du temps de calculs lors de la comparaison tout ou partie de génomes. De plus, sa simplicité rend la manipulation et la lecture (ou parsing) des coordonnées ou des annotations aisée par l'utilisation d'outils de traitement de texte et de langages de script tels que Python, Ruby ou Perl ou par des outils plus spécialisés tel que .