Point Accepted Mutation Matrix

Eine Point Accepted Mutation Matrix (kurz: PAM-Matrix) ist eine mit PAM-Werten gefüllte Substitutionsmatrix, die in der Bioinformatik dazu verwendet wird, die Wahrscheinlichkeit der Veränderung einer Aminosäuresequenz zu bestimmen. Grundlage zur Erstellung einer PAM-Matrix sind statistisch erfasste Werte über Sequenzunterschiede. In der Praxis wird die PAM250-Matrix am häufigsten verwendet. Sie weist eine Sequenzübereinstimmung von etwa 20 % auf, was bedeutet, dass man allein durch die Sequenzanalyse mit einem richtigen Alignment rechnen kann. Erstmals beschrieben wurde sie von Margaret Oakley Dayhoff, die sie 1978 im „Atlas of Protein Sequence and Structure“ publizierte.