RAPD

RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) è un tipo di PCR in cui i segmenti di DNA amplificati sono scelti casualmente. Per eseguire una RAPD, si costruiscono un certo numero di primer brevi (8–12 nucleotidi) a composizione arbitraria e si procede alla reazione di amplificazione usando come stampo un lungo tratto di DNA genomico. Nel caso in cui i primer riescano ad associarsi al DNA, l'amplificazione produrrà una serie di frammenti che, interpretati, permetteranno di approssimare un profilo semi-individuale dell'organismo in analisi. Nessuna conoscenza della sequenza di DNA del genoma di interesse è richiesta, poiché i primer legheranno in un qualsiasi punto della sequenza, sebbene non si avrà la certezza di quale sia il sito di legame. Ciò rende questo metodo popolare per comparare il DNA di organismi che non sono particolarmente studiati dalla comunità scientifica. Poiché bisogna massimizzare le probabilità di associazione tra i primer e lo stampo, la RAPD presenta alcune limitazioni qualora si usi un campione di DNA degradato. Inoltre, il suo potere di risoluzione è decisamente più basso di quello di metodi mirati di analisi comparativa del DNA bersaglianti sequenze specie-specifiche come l'analisi dei microsatelliti. Negli ultimi anni la RAPD è stata utilizzata per caratterizzare e tracciare la filogenesi di numerose specie sia animali che vegetali.