Biopython

Biopython is an open-source collection of non-commercial Python modules for computational biology and bioinformatics. It makes robust and well-tested code easily accessible to researchers. Python is an object-oriented programming language and is a suitable choice for automation of common tasks. The availability of reusable libraries saves development time and lets researchers focus on addressing scientific questions. Biopython is constantly updated and maintained by a large team of volunteers across the globe.

Key facts

Software.name: Biopython
Software.logo: Biopython logo.png
Software.author: Chapman B, Chang J
Software.latest release version: v1.87
Software.programming language: Python, C
Software.platform: Cross platform
Software.genre: Bioinformatics
Software.license: BSD 3-clause license

via Wikipedia infobox

Source code

github.com →

The git repository at produces the Biopython website at using GitHub Pages (rendered using Jekyll, see for details). Almost all of the content is under the URL prefix /wiki/ because this was based on an automated conversion of the old MediaWiki website, using to turn all the changes in the MediaWiki XML export file into into markdown (using pandoc) as a git repository. The old MediaWiki usernames were manually mapped to GitHub accounts. About 20 accounts on the wiki (mostly single contributions) could not be identified, but the old username is still logged in the git commits. Note the website content under /DIST/ is hosted in a separate GitHub Pages project repository covering the Biopython releases and assorted documentation files.

Excerpt from the source-code README · 1,035 chars · not written by Vinony

Article · Español

El proyecto 'Biopython' es el nombre que recibe una serie de aplicaciones y programas informáticos pensados para cuantificar y hacer cálculos con datos biológicos, programados por una comunidad internacional. Su objetivo principal es el de desarrollar el mayor número posible de bibliotecas informáticas basadas en el lenguaje de programación Python, que tengan aplicaciones bioinformáticas y que estén disponibles para un público lo más amplio posible. Esto es posible gracias a una licencia de código abierto específica, llamada , que es muy poco restrictiva. Biophython permite representar secuencias biológicas y anotaciones de genomas y es capaz de comunicar con las bases de datos biológicos en línea del NCBI para hacer cálculos. Además, gracias a diversos módulos, puede ser utilizada para trabajar sobre proyectos relativos al alineamiento de secuencias, cálculo de estructuras proteicas, genética de poblaciones, filogenética e inteligencia artificial.

Abstract from DBpedia / Wikipedia · CC BY-SA