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O endóstilo é um sulco ciliado, longitudinal, situado na parede ventral da faringe, com glândulas que produzem muco, que serve para agregar partículas alimentares. É encontrado nos e nos cefalocordados e nas larvas das lampreias. Ajuda no transporte de comida para o esôfago. É também chamado sulco hipofaríngeo. O endóstilo nas larvas de lampreia sofrem metamorfose, transformando-se na tiroide em adultos. É homóloga da glândula tiroide nos vertebrados. Dumont, et al. questiona se o endóstilo nessas larvas é homólogo dos que se encontram nos urocordados e cefalocordados.
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