Alinhamento múltiplo de sequências

Um alinhamento múltiplo de sequências é um alinhamento de três ou mais sequências biológicas, geralmente proteínas, ADN ou ARN. De modo geral, assume-se que o conjunto de sequências de consulta que se coloca como entrada (conjunto problema) tem uma relação evolutiva pela qual compartilham uma linhagem e descendem de um ancestral comum. Do alinhamento resultante, pode-se inferir a homologia, e pode levar-se a cabo a análise filogenética para avaliar as origens evolutivas compartilhadas pelas sequências. As representações visuais do alinhamento ilustram mutações tais como mutações puntuais (uma só mudança de aminoácidos ou nucleótidos) que aparecem como diferentes caracteres numa só coluna do alinhamento, e a inserção ou supressão de mutações que aparecem como ocos numa ou várias das sequências no alinhamento. O alinhamento múltiplo de sequências utiliza-se para avaliar a conservação dos domínios proteicos, as estruturas e , e também aminoácidos ou nucleótidos individuais. Os alinhamentos múltiplos de sequências também se referem ao processo de alinhá-las como um conjunto de sequências. Como pode ser difícil alinhar à mão três ou mais sequências de comprimento biologicamente relevante, e quase sempre consome muito tempo, utilizam-se algoritmos computacionais para produzir e analisar os alinhamentos. Os alinhamentos requerem metodologias mais sofisticadas que os alinhamentos de pares porque são computacionalmente mais complexos de produzir. A maior parte dos programas de alinhamento múltiplo de sequências usam métodos heurísticos em lugar de , porque identificar o alinhamento óptimo entre mais de umas poucas sequências de comprimento moderado é proibitivamente custoso computacionalmente.