sequentie-alignering

Sequentiealignering (Engels: sequence alignment) is het bij elkaar zetten van twee of meer biologische sequenties op zo'n manier dat gelijkenissen en verschillen tussen de sequenties duidelijk worden. Dit soort alignering wordt binnen de biologie meestal aan computers overgelaten en vormt zo een bekend concept binnen de bio-informatica. De sequenties, sequenties van DNA of eiwitten, worden hierbij gewoonlijk onder elkaar geplaatst. Gelijke onderdelen, respectievelijk nucleotiden en aminozuren, worden daarbij met verticale streepjes aan elkaar gelinkt. Een voorbeeld voor de uitlijning van twee nucleotidensequenties: tcctctgcctctgccatcat---caaccccaaagt|||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||tcctgtgcatctgcaatcatgggcaaccccaaagt Sequentiealignering is van belang voor het nagaan van evolutionaire, structurele en overeenkomsten in de sequenties van biologische moleculen. Zo kan verwantschap (homologie) van sequenties (door genverdubbeling of door soortvorming (speciatie) aangetoond worden. Fouten (mismatches), gebruikelijk voorgesteld door het ontbreken van een verticaal streepje tussen twee elementen, kunnen verklaard worden door mutaties; gaten (gaps), voorgesteld door horizontale lijnen, door inserties of deleties. Die gaten worden ook wel "indels" genoemd, een lettergreepwoord dat komt van de termen "insertie" en "deletie". Ook buiten de bio-informatica zijn toepassingen mogelijk, bijvoorbeeld bij de studie van taalverwantschap en tekstvergelijking.