Linjering

En linjering (Eng: alignment), ibland också kallad inpassning, används för att hitta likheter mellan biologiska sekvenser. Sekvenserna representerar oftast DNA- eller protein-molekyler. Linjeringen syftar till att identifiera vilka positioner i sekvenserna som är varandras motsvarighet.Till exempel är det nedanstående en enkel linjering av två korta DNA-sekvenser. AAACCACGT-GGAAAA--AAGTGGGA Här har bindestreck lagts in, s.k "gaps", för att markera avsaknad av en position i en sekvens, vilket kan bero antingen på att den ena sekvensen har fått en insättning eller förlorat ett stycke. Bindestrecken benämns ofta indels, från engelskans insertion/deletion. "Gaps" kan inte användas hur som helst. Dessa regleras av ett poängsystem där en identitet ger pluspoäng och "gaps" minuspoäng. Man skiljer på global och lokal linjering. Global linjering kräver att sekvenserna linjeras i sin fulla längd, medan den lokala varianten lyfter fram delsekvenser som uppvisar tillräcklig likhet. Lokal linjering används oftast för databassökningar där man vill hitta likheter mellan en söksekvens och sekvenser i en större databas, till exempel GenBank. En hög grad av likhet används ofta för att postulera homologi. En multilinjering är en linjering av fler än två sekvenser. Metodik, algoritmer och hantering av linjeringar är ett viktigt område inom bioinformatiken.