Shine-Dalgarnosequentie

De Shine-Dalgarnosequentie (of Shine-Dalgarno box) is een naam die binnen het domein van de biochemie en de genetica gegeven wordt aan een welbepaalde opeenvolging van nucleotiden op het mRNA. Het heeft een speciale functie binnen het proces van eiwitsynthese. De Shine-Dalgarnosequentie is een ribosomale bindingsplaats op het mRNA die zich voornamelijk bevindt op 16 nucleotiden van het startcodon AUG (richting 5' uiteinde). Het concept van deze sequentie werd geïntroduceerd door de Australische wetenschappers en . De sequentie bestaat enkel bij prokaryoten. De consensussequentie van zes basen is AGGAGG; bij E. coli bijvoorbeeld is de sequentie AGGAGGU. Deze sequentie helpt het ribosoom naar het mRNA zodat eiwitsynthese van start kan gaan. Hierbij zal het op een lijn komen te staan met de startcodon. De complementaire sequentie (CCUCCU) wordt de anti-Shine-Dalgarnosequentie genoemd en bevindt zich op het 3' uiteinde van het van het ribosoom. Het eukaryoot equivalent van de Shine-Dalgarnosequentie wordt de genoemd. Mutaties in de Shine-Dalgarnosequentie kunnen translaties laten afnemen. Deze vermindering is het gevolg van een afgenomen mRNA-ribosoom bindingsefficiëntie van complementaire basen. Dit wordt aangetoond door het feit dat complementaire mutaties in de anti-Shine-Dalgarnosequentie translaties terug in werking kunnen stellen. Wanneer de Shine-Dalgarnoseqentie en de anti-Shine-Dalgarnosequentie aan elkaar binden, zullen de initiatiefactoren (IF2-GTP, IF1, IF3) voor de translatie en het inleidende tRNA fMet-tRNA (N-Formylmethionine) naar het ribosoom gebracht worden.