sekwencja Shine-Dalgarno

Sekwencja Shine-Dalgarno (5’-AGGAGG-3’) – sekwencja nukleotydów w mRNA prokariotów stanowiąca rybosomu. Nazwa sekwencji pochodzi od jej odkrywców – australijskich naukowców i . Sekwencja ta bogata w puryny znajduje się w odległości 3–10 nukleotydów powyżej kodonu inicjującego (miejsca rozpoczęcia translacji). Kodem inicjującym jest zwykle AUG (rzadziej GUG lub UUG). Jednak kodon AUG nie zawsze jest kodonem startu, może on również kodować metioninę wewnątrz łańcucha polipeptydowego. Dopiero wystąpienie w pobliżu inicjującego kodonu sekwencji Shine-Dalgarno jest sygnałem inicjującym translację. Sekwencja Shine-Dalgarno jest komplementarna do sekwencji znajdującej się na końcu 3' 16S rRNA (tzw. sekwencja anty-Shine-Dalgarno) wchodzącego w skład małej podjednostki rybosomu, umożliwiając związanie się z mRNA. W różnych genach sekwencja ta może wykazywać różny stopień komplementarności, zwykle są to jednak niewielkie modyfikacje rdzenia GGAGG. Przykładowo u E. coli sekwencja najwyższej zgodności to AGGAGGU. Inicjacja translacji jest u bakterii uważana za etap limitujący w tłumaczeniu mRNA na białko i determinuje ogólną ekspresję genu. Nie wszystkie geny prokariotów mają taką sekwencję, która transkrybowanemu mRNA nadawałaby sekwencję Shine-Dalgarno. Słabe kodony startu (GUG, UUG) oraz brak sekwencji Shine-Dalgarno może znacznie zmniejszyć ekspresję danego genu. Jedno mRNA może zawierać więcej niż jedną sekwencję Shine-Dalgarno znajdującą się w sąsiedztwie kodonu inicjującego, a wtedy może ono kodować wiele polipeptydów. Takie mRNA określa się jako policistronowe. Są one transkryptami operonów, np. u E. coli operon laktozowy koduje pojedynczy mRNA, który zawiera informację o trzech białkach. U eukariotów inicjacja translacji przebiega inaczej – mała jednostka rybosomowa rozpoznaje czapeczkę na końcu 5’ mRNA. Następnie przesuwa się w kierunku końca 3’ aż pojawi się kodon inicjujący. Zwykle jest to kodon AUG w obrębie sekwencji Kozak.