îlot génomique

Un îlot génomique (IG), parfois appelé en anglais « genomic island » (GI), est une partie d'un génome qui présente des signes de transfert horizontal. Le terme est généralement utilisé en microbiologie, notamment en ce qui concerne les bactéries. Un IG peut concerner de nombreuses fonctions, peut être impliquée dans la symbiose ou la pathogenèse, et peut favoriser l'adaptation d'un organisme. Il existe de nombreuses sous-classes d'IG basées sur la fonction qu'ils confèrent. Par exemple, un IG associé à la pathogenèse est souvent appelé îlot de pathogénicité (« PAI »), tandis que les IG qui contiennent de nombreux gènes de résistance aux antibiotiques sont appelés îlots de résistance aux antibiotiques (ou îlots d'antibiorésistance). Le même IG peut apparaître chez des espèces apparentées à distance à la suite de divers types de transfert latéral de gènes (transformation, conjugaison, transduction). Ceci peut être déterminé par l'analyse de la composition des bases, ainsi que par des estimations de la phylogénie.