sequência palindrômica

Uma sequência palindrômica é uma sequência de ácidos nucleicos em uma molécula de DNA ou RNA de fita dupla que apresenta simetria dupla, isto é, em que a leitura em uma certa direção (por exemplo, 5' → 3') em uma fita é idêntica à sequência na mesma direção (por exemplo, 5' → 3') na fita complementar. O significado de um palíndromo no contexto da genética é um pouco diferente da definição utilizada para palavras e sentenças. Como a fita dupla é formada por duas fitas pareadas antiparalelas de nucleotídeos que correm na direção oposta, e os nucleotídeos sempre se pareiam da mesma forma (adenina (A) com timina (T) no DNA ou uracila (U) no RNA; citosina (C) com guanina (G)), uma sequência nucleotídica de fita simples é considerada um palíndromo se ela é igual ao seu complemento reverso. Por exemplo, a sequência de DNA ACCTAGGT é palindrômica porque seu complemento de nucleotídeo a nucleotídeo é TGGATCCA e, invertendo a ordem dos nucleotídeos no complemento, obtém-se a sequência original. As sequências palindrômicas são autocomplementares dentro de cada cadeia e, consequentemente, têm potencial para formar estruturas cruciformes (em formato de cruz) ou em grampo (hairpin). A porção da haste do grampo é uma porção de pseudo-fita dupla, pois todo o grampo é parte da mesma fita (única) de ácido nucleico. As palindrômicas são encontradas na maioria dos genomas ou conjuntos de instruções genéticas. Os palíndromos foram especialmente pesquisados em cromossomos bacterianos e nos chamados Elementos Bacterianos de Mosaico Intercalado (BIMEs, do inglês Bacterial Interspersed Mosaic Elements) espalhados sobre eles. Em 2008, um projeto de sequenciamento do genoma descobriu que grandes porções dos cromossomos X e Y humanos são organizados como palíndromos. Uma estrutura palindrômica permite que o cromossomo Y se repare curvando-se no meio se um lado estiver danificado. Os palíndromos também parecem ocorrer com frequência nas sequências de peptídeos que constituem as proteínas, mas seu papel nas funções das proteínas ainda não foi esclarecido. Foi sugerido que a existência de palíndromos em peptídeos pode estar relacionada à prevalência de regiões de baixa complexidade em proteínas, uma vez que palíndromos estão frequentemente associados às sequências de baixa complexidade. Sua prevalência também pode estar relacionada à propensão de tais sequências para formar alfa-hélices ou complexos de proteína/proteína.