Лигазная цепная реакция

Лигазная цепная реакция (LCR, ЛЦР) представляет собой метод амплификации ДНК, он отличается от PCR тем, что в нем используется термостабильная лигаза для соединения двух зондов или других молекул вместе, которые затем могут быть амплифицированы с помощью стандартной циклической полимеразной цепной реакции (ПЦР) (Barany, 1991). Каждый цикл приводит к удвоению молекулы нуклеиновой кислоты-мишени. Ключевым преимуществом ЛЦР является большая специфичность по сравнению с ПЦР. Таким образом, для правильной работы ЛЦР требуются два совершенно разных фермента: лигаза для соединения молекул зонда вместе и термостабильная полимераза (например, полимераза Taq) для амплификации тех молекул, которые участвуют в успешном лигировании. Зонды, участвующие в лигировании, сконструированы таким образом, что 5'-конец одного зонда непосредственно примыкает к 3'-концу другого зонда, тем самым обеспечивая необходимые субстраты групп 3'-ОН и 5'-PO4 для лигазы. Первоначально ЛЦР была разработана для обнаружения точечных мутаций; единственное несовпадение оснований на стыке двух молекул зонда - это все, что необходимо для предотвращения лигирования. При выполнении лигирования прямо в конце олигонуклеотидного зонда будут допускаться только идеально подобранные дуплексы праймера. ЛЦР также можно использовать для амплификации молекул матрицы, которые были успешно лигированы, с целью оценки эффективности лигирования и получения большого количества продукта с еще большей специфичностью, чем ПЦР. Таким образом, ЛЦР не обязательно является альтернативой, а скорее дополнением к ПЦР.