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Also known as PDB
蛋白質など生体高分子が持つ3次元構造の立体配座を蓄積している国際的データベース
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RCSB PDB: PDB History
The PDB was established in 1971 at Brookhaven National Laboratory under the leadership of Walter Hamilton and originally contained 7 structures.
rcsb.org →October 2011 Molecule of the Month features historic structures that set the foundation for the PDB archive. In 2003, the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB ) was formed to maintain a single PDB archive of macromolecular structural data that is freely and publicly available to the global community. It consists of organizations that act as deposition, data processing and distribution centers for PDB data. CARB/NIST left RCSB PDB in 2005 (see Emeritus RCSB PDB Leadership ). In 2021, RCSB PDB and the wwPDB celebrated the 50th Anniversary of the PDB with symposia, materials, and more. Nobel Prize in Chemistry: to David Baker for computational protein design and to Demis Hassabis and John M. Jumper for protein structure prediction Nobel Prize in Chemistry Carolyn Bertozzi, Morten Meldal, K. Barry Sharpless for the development of click chemistry and bioorthogonal chemistry Nobel Prize in Chemistry: Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna for the development of a method for genome editing Nobel Prize awarded to Frances H. Arnold for the Directed Evolution of Enzymes Nobel Prize in Chemistry: Robert J. Lefkowitz and Brian K. Kobilka for studies of G-protein-coupled receptors Nobel Prize in Chemistry: Venkatraman Ramakrishnan, Thomas A. Steitz and Ada E. Yonath for studies of the structure and function of the ribosome Nobel Prize in Chemistry Roger D. Kornberg for his studies of the molecular basis of eukaryotic transcription Carter, A.P., Clemons, W.M., Brodersen, D.E., Morgan-Warren, R.J., Wimberly, B.T. and Ramakrishnan, V. (2000) Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics. Nature , 407, 340-348. Nobel Prize in Chemistry: Paul D. Boyer and John E. Walker for their elucidation of the enzymatic mechanism underlying the synthesis of adenosine
蛋白質構造データバンク(たんぱくしつこうぞうデータバンク,PDB: Protein Data Bank)は,蛋白質(タンパク質),核酸,糖鎖など生体高分子の3次元構造の原子座標(立体配座)を蓄積している国際的な公共のデータベースである。PDBに蓄積されている構造データは,結晶解析法,核磁気共鳴法(NMR法),クライオ電子顕微鏡法の3つの検証可能な手法によって実験的に決定されたデータである。なお,理論的な予測(蛋白質構造予測)で推定されたデータは蓄積していない。 世界中の構造生物学者が決定した構造情報は,論文発表前にPDBに登録することが義務付けられており,論文発表と同時にPDBへ登録済みの構造データが一般公開される仕組みになっている。PDBの運営は日米欧の各拠点機関が国際的に協力することで成り立っており,南北アメリカとオセアニア地区で解析されたデータは米国で,欧州とアフリカ地区からのデータは欧州で,アジア・中東地区で解析されたデータは日本でデータ登録処理が行われる。日本の拠点活動は,大阪大学蛋白質研究所のProtein Data Bank Japan(PDBj)が担当している。PDBに登録されたデータは,事前に日米欧の各拠点間でデータ交換され,パブリックドメインのもとで完全に同一なデータとして一般公開される。 PDBは,生命科学研究の中心的なデータベースのひとつである。構造生物学をはじめとする基礎研究のみならず,創薬や食品工学,細胞工学などの応用分野でも欠かせない情報源となっている。バイオインフォマティクスの研究でも,PDBに代表される3次元分子構造データベースは重要な研究対象である。PDBから派生したデータベースとプロジェクトは非常に多く,蛋白質の構造・機能・進化のそれぞれの側面から,PDBの構造データの統合や分類が行われている。
Abstract from DBpedia / Wikipedia · CC BY-SA
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Discovered by embedding cosine similarity (sentence-transformers MiniLM, 384-dim).